Mặc dù biết giữ đức tin là vấn đề riêng tư nhưng tôn giáo của bà và sự gần gũi với nhà vua khiến bà trở thành mục tiêu cho hội chống Công giáo. Catarina bận rộn với đức tin của mình. Lòng mộ đạo của của bà được biết đến rộng rãi và là một đặc điểm ở vợ mà Nhà vua cực kỳ ngưỡng mộ; trong những lá thư nhà vua viết cho chị gái, sự sùng đạo của Catarina được mô tả với sự kính phục. Gia đình của bà có từ 4 đến 6 linh mục và vào năm 1665, Catarina quyết định xây một tu viện phía đông nhà thờ thánh James để cho mười ba Tu sĩ Phan Sinh người Bồ Đào Nha thuộc dòng Thánh Peter xứ Alcántara cư ngụ. Nó được hoàn thành vào năm 1667 và được gọi là The Friary.[4]

Năm 1675 sự căng thẳng về khả năng khôi phục của kể hoạch ly hôn gián tiếp dẫn tới một căn bệnh khác của bà, các bác sĩ của Catarina đã xác nhận và chồng bà không thể không lưu ý là “nguyên nhân là do tinh thần nhiều hơn là do thể chất”. Trong cùng năm đó, tất cả linh mục Công giáo người Anh quốc và Ai-len đều được lệnh rời khỏi đất nước, khiến Catarina phải phụ thuộc vào các linh mục nước ngoài. Khi các biện pháp ngày càng khắc nghiệp được đưa ra để chống lại người Công giáo, Catarina bổ nhiệm người bạn thân và cũng là cố vấn của mình – tín đồ Công giáo sùng đạo Francisco de Mello – cựu Đại sứ Bồ Đào Nha ở Ánh làm Lãnh chúa Chamberlain. Đó là một động thái bất thường và gây nhiều tranh cãi nhưng “với mong muốn làm vui lòng Catarina và có thể chứng tỏ sự vô ích của các động thái đòi hủy bỏ cuộc hôn nhân này, nhà vua đã ra quyết định phê chuẩn. De Mello bị bãi chức vào năm sau vì ra lệnh cho in một quyển sách Công giáo, khiến Catarina đang trong cảnh khốn cùng càng bị cô lập hơn ở triều đình”.[4] Có một sự an ủi là Louise de Kérouaille – Nữ công tước xứ Portsmouth đã thay thế Barbara Palmer làm tình nhân hiện tại của đức vua, luôn cư xử với Vương hậu một cách lễ phép; đổi lại Vương hậu tỏ lòng biết ơn bằng cách sử dụng thế lực của mình để bảo vệ Louise trong Âm mưu của Giáo hoàng.

Âm mưu của Giáo hoàng

Đạo luật thử nghiệm năm 1673 đã đẩy tất cả người Công giáo ra khỏi cơ quan công quyền và lòng chống đối người Công giáo tăng cao trong những năm tiếp theo. Dù cho không có động thái nào trong hoạt động chính trị tôn giáo nhưng vào năm 1675 Catarina bị chỉ trích vì người ta cho là bà đã tán thành ý kiến bổ nhiệm một vị giám mục đến Anh quốc với hy vọng sẽ giải quyết được tranh chấp nội bộ của những người Công giáo. Các nhà phê bình cũng ghi lại rằng trên thực tế thì bất chấp trái lại mệnh lệnh, những người Công giáo Anh quốc vẫn đến nhà nguyện tư nhân của bà.

Là người Công giáo có địa vị cao nhất trong nước, Catarina là mục tiêu rõ ràng cho những tín đồ Tin lành cực đoan và không mấy ai ngạc nhiên khi Âm mưu của Giáo hoàng năm 1678 sẽ trực tiêp đe dọa vị trí của bà. Tuy nhiên, Catarina đã hoàn toàn được bảo vệ trong sự ủng hộ của chồng (ông đã nói với Gilbert Burnet “nàng sẽ không bao giờ làm điều gì xấu xa và đó là điều kinh khủng nếu bỏ rơi nàng ấy”) và Thượng nghị viện (hầu hết người ở đây đều biết và thích bà), phần đông trong số họ từ chối luận tội bà.[4] Quan hệ giữa hai vợ chồng họ trở nên ấm hơn: Catarina đã viết về “sự ân cần phi thường” của Charles dành cho bà và điểm đáng chú ý là những ông đến thăm các căn hộ của bà lâu hơn và thường xuyên hơn.